In den letzten Jahrzehnten hat der Deutsche Kurzfilmpreis zunehmend an Bedeutung gewonnen. Erstmals grundlegend reformiert wurde das Preisreglement im Jahr 2000. Ziel war es, den Stellenwert des Kurzfilms für das Filmschaffen in Deutschland zu unterstreichen und ihn enger an das Kino zu binden. Deshalb wurde die Preissumme erhöht. Außerdem gab es den Deutschen Kurzfilmpreis in Gold und Silber ab diesem Jahr nicht nur in einer, sondern in zwei Längenkategorien: bis sieben Minuten Vorführdauer und mehr als 7 bis 30 Minuten Vorführdauer. Seit 2017 gelten für diese Kategorien Laufzeiten von bis 10 Minuten und von mehr als 10 bis 30 Minuten.

Im Jahr 2002 wurde das Reglement erneut neu gestaltet. Für Spielfilme, Animations-/Experimentalfilme und Dokumentarfilme gibt es seitdem jeweils eigene Preiskategorien. Außerdem wurde die Zahl der Nominierungen sowie der Filmpreise in Gold erhöht. Zugelassen wurden neben 16 und 35 mm Kopien auch DigiBeta und BetaSP, zudem wurde ein fakultativer Sonderpreis für Filme mit einer Laufzeit von mehr als 30 bis 78 Minuten eingeführt.

Von 2005 bis 2021 wurde der Deutsche Kurzfilmpreis in Zusammenarbeit mit einer deutschen Filmhochschule verliehen. Seit 2022 findet die Preisverleihung jedes Jahr im November in Hamburg statt.